Die Verwaltung der Stiftung obliegt dem Vorstand der Stiftung Marienheim.
Vom Stiftungsvorstand werden die für die Stiftung Marienheim maßgeblichen Entscheidungen getroffen (Beschlussfassung über Änderung der Stiftungssatzungen, Auswahl der unterstützungswürdigen Projekte, Personalentscheidungen über leitende MitarbeiterInnen, Beschlussfassung über den Haushaltsplan,...). Der Stiftungsvorstand tagt in der Regel fünfmal im Jahr.
Der Vorstand der Stiftung Marienheim besteht derzeit aus 9 Personen, die sich alle ehrenamtlich für die Stiftung engagieren.
Vorsitzende des Stiftungsvorstandes ist Frau Dr. Ursula Riccabona.
Mit der Geschäftsführung wurde Herr Christian Kaserer betraut. Die LeiterInnen der Bereiche VITA und TUTO sind dem Geschäftsführer unterstellt. Für die Bereiche VEWA (Stiftungs- und Gebäudeverwaltung) und ALTO (StudentInnenwohnungen) ist Herr Kaserer selbst zuständig.