L'amministrazione della fondazione è sottoposta al consiglio direttivo.
Il consiglio direttivo prende le decisioni importanti per la Fondazione Marienheim (deliberazioni per modifiche dello statuto, scelta dei progetti degni di supporto, decisioni sul personale e sul personale dirigenziale, deliberazioni sul bilancio preventivo ...). Il consiglio direttivo si riunisce generalmente cinque volte all'anno.
Il consiglio direttivo della Fondazione Marienheim si compone al momento di 9 persone, tutte impegnate a titolo di volontariato.
Il presidente del consiglio direttivo è la Sig.ra Ursula Riccabona.
La gestione è stata affidata a Christian Kaserer. I responsabili dei dipartimenti VITA e TUTO riportano al direttore generale. Kaserer è responsabile della VEWA (amministrazione delle fondazioni e degli edifici) e dell'ALTO (alloggi per studenti).